芹泽教授他们本来是不打算继续潜游唤醒哥斯拉的，但是架不住某位神明好像对其他地方的灾难无动于衷，于是他们只好重新执行危险的计划。
另一边，脑残的拉塞尔女博士正在和她的合作者争吵，两人打算唤醒整个地球所有的泰坦巨兽，让地球重新恢复自然生态，结果运气很不错，第一次就唤醒了怪兽之王王者基多拉，第二次就是拉顿。
然后计划失控，王者基多拉唤醒了全世界的怪兽，现在的局面就是全线崩盘，整个地球都陷入了灾难。
“泰坦巨兽计划是错误的，神明……”
两人自然也都看到了大汉朝那一位“神”斩杀了一头泰坦巨兽的场景，只不过对方斩杀了一头泰坦巨兽之后，没有像其他人推测的那样，去找其他泰坦巨兽的麻烦，而是待在大汉朝就不动了。
“为什么会有神明？”
“泰坦巨兽不就是神明吗，那有神话故事的神明出现有什么奇怪的？”
“不，泰坦巨兽才是真正的神明，神话故事的神明不应该存在才对。”
将军无法理解拉塞尔女博士的脑回路，明明都是神话传说，为什么泰坦巨兽的神话传说就是真的，泰坦巨兽就是神明，而他们人类的神话传说里面的神明出现却是假的。
将军放弃治疗，对现在的局面很满意，超前完成了任务，但是对于拉塞尔博士来说就不行，她觉得必须要按部就班的释放泰坦巨兽才行，现在一下子全部释放了出来，太危险了，必须要阻止！
只能说不是很理解她的脑回路，也还好理解不了，不然岂不是也变成像她一样的脑残了？
带着奥卡仪器的拉塞尔博士逃出了基地，将军不想让她破坏现在的局面，奈何祸害遗千年，平日里百发百中的枪法现在却一枪都没打中，愣是被一个手无缚鸡之力的科研人员从枪林弹雨之中逃了出去。
感觉受到侮辱的将军二话不说就开着装甲车进行追击，正好这时候拉塞尔博士的前夫来找失踪的女儿，见到这样的场景，也顾不得自己前妻脑残了，救女儿要紧，赶紧让她们上车躲避将军的袭击。
另一边，芹泽教授他们成功抵达地下世界，不是后面靓仔的那个地下世界，而是要往上一层，顺便说一下，哥斯拉世界的地球是中空的，也就是没有地心，四通八达的通道是哥斯拉快速来往全球各地的原因。
再深入的话，就得通过一段类似于空间隧道的通道，才能进入真正的地心世界，不过哥斯拉后面一发原子吐息放射热线
直接打穿到地心世界，可以看出根本不需要那么冒险的通过空间隧道。
芹泽教授一行人抵达这里已经很艰难了，芹泽教授让其他人回去，作为活不长久的最狂热的哥斯拉粉，他决定要牺牲在这里，让哥斯拉拯救人类。
随后他拎着核弹找到了奄奄一息的哥斯拉，吃了一发氧气破坏者的哥斯拉到现在都没有恢复过来，继续这样下去的话，等王者基多拉改变了全球气候，让全世界变成了以王者基多拉为首的生态体系，那全人类都会灭亡的。
哥斯拉奄奄一息之际，看到了有一个人类走到自己旁边，它嗅了嗅，记住了这个人类的气味，接着芹泽教授就引爆了核弹。
伴随着屁用都没有的号称好几亿摄氏度的核爆绝对毁灭领域消失，哥斯拉吃了一发大的，有点吃不消，急需发泄出来，刚好它感受到了王者基多拉，于是就前往了王者基多拉所在的地方。
另一边，王者基多拉却没有在波士顿继续停留，它感觉到了路西法的存在，于是就飞了过去。
“王者基多拉离开了波士顿！”