算上民夫和工匠，莫卧儿出兵25万人，皇帝奥朗则布御驾亲征。
而中国这边，只有2000大同陆军战士、600大同海军战士，以及1000临时征召的汉人民兵。此外，还有3万孟加拉仆从军和若干民夫。
战争爆发之初，莫卧儿军队节节胜利，8000多孟加拉仆从军投降。
郑森放弃恒河沿岸城市，一直撤退到达卡，死守总督府所在的城池。恒河下游的博多河流域，由于泥沙淤积严重，大型船只容易搁浅，大同海军根本开不进来。只能派海军战士，乘坐小船去达卡，帮助郑森防守城市。
这一系列行动当中，又有一万多仆从军投降。
以前忠于郑森的土邦王公，纷纷改弦易撤，宣布效忠奥朗则布。
就在这个时候，奥朗则布接到后方消息。
起义者西瓦吉率先行动，出兵攻打莫卧儿西南部领土。由于兵力不足，再加上地方贵族响应，西瓦吉的军队所向披靡。
此时回援已经晚了，奥朗则布谴使去比加普尔国。不但正式承认比贾普尔的独立地位，还承诺跟比贾普尔联姻。比贾普尔苏丹，立即出兵去捅西瓦吉的菊花——西瓦吉的地盘，一大半属于比贾普尔的固有国土，这位苏丹想趁机收复失地。
西瓦吉无奈，只能分兵回援，部分军队驻守新占地盘，真正的精锐回去跟比贾普尔打仗。
至于戈尔孔达国苏丹，收了中国使者的礼物，此时却没有任何表示。因为他国内出现叛乱，忙着镇压叛军，根本没精力去找莫卧儿的麻烦。由于叛军被驱逐，南下逃到晋国，把晋王也卷进去，南印度打成一锅粥。
牵一发而动全身。
由于西瓦吉向北攻占不少地盘，拉其普特人趁机搞事儿。他们属于全骑兵队伍，无力攻打城池，却一路绕城劫掠，想要南下跟西瓦吉会师。
大同海军也在配合，甚至拉上葡萄牙海军一起出动，攻占古吉拉特沿海港口，并划出两个港口城市，提供给拉其普特骑兵休整补给。
波斯昏君食言了，没有帮着中国出兵。
那群目光短浅的波斯君臣，居然忙着跟莫卧儿联姻，完全不知道趁机扩张。
倒是实力最弱的锡克教徒，在莫卧儿西北方掀起锡克教大起义，甚至沿途高举“攻占德里”的旗帜，吸引大量印度教徒加入其中（另一个时空，印度教徒甚至在德里爆发起义）。
更北边，中国大宛都护率领骑兵，带着布哈拉属国军队，以及少量哈萨克骑兵，直奔阿富汗地区而去。
独立之后又被镇压的阿富汗各部，眼见中国带兵杀来，纷纷配合响应。莫卧儿在阿富汗的驻军，被迫龟缩到少数几个大城，其余地盘全部被中国军队和阿富汗部落控制。
紧接着，阿富汗刺客，舍命把总督阿米尔汗刺成重伤。
大宛都护派遣少量精锐，竟然穿越了开伯尔山口，朝着莫卧儿帝国的核心地盘杀去，跟锡克教徒一起攻打城池。打下来的城市，全部交给锡克教徒统治，大同军只要粮食和部分金银。
达卡那边，郑森死守城池，时间长达半年之久。
除了沿海港口和达卡，孟加拉其他地盘，全都被奥朗则布攻打下来。可手握重兵的奥朗则布，死活拿不下达卡，更不敢去攻打沿海港口。
战争就此僵持，只能继续拖时间。
郑森的存粮，至少还能坚持一年。可奥朗则布的大军，粮草已经快完蛋了，只剩下两三个月的口粮。
奥朗则布让大臣继续征粮，由于催得太急，恒河沿岸好几个地区，纷纷爆发印度教地主起义。
无奈之下，奥朗则布主动寻求和谈。
前几次和谈，全部谈崩，因为郑森狮子大开口，想要让奥朗则布割地赔款。
最终，郑森摸清了奥朗则布的底线：这位莫卧儿皇帝，啥都可以谈，就是别想让他割地。
谈判结果如下：
第一，莫卧儿承认中国对孟加拉的统治，双方领土保持在战前局面。
第二，莫卧儿擅自挑起战争，赔偿中国方面一切损失。
第三，莫卧儿如果无力支付赔偿，那就将恒河中下游部分商业港口，交给中国官员进行管理。也即中国官员，获得莫卧儿部分关税权，从关税中扣除战争赔款。
第四，中国商人获得在莫卧儿帝国的商业特权。
第五，中国军队必须撤出莫卧儿（包括阿富汗），承诺不再支持阿富汗部落和锡克教徒叛乱。
第六，中国不得干涉莫卧儿与起义者西瓦吉之间的战争，不得为拉其普特叛乱者提供港口庇护。但是，中国商人可以跟拉其普特人进行贸易，沿途的莫卧儿官员不得阻拦和额外征税。
郑森除了搞外交串联，几乎没打啥像样的大仗，只是死守总督城池半年多，就逼得奥朗则布签订不平等条约。