古代商旅往来西域，正常的线路都会沿着河流、绿洲、水源地前行，一路的烽燧、驿站、亭障，都沿着水源地分布。除非别无选择，才会穿越沙漠。
玄奘没有过关文牒，只得选择穿越沙漠。
在沙漠里行走了百余里后，玄奘迷失了方向，野马泉不知所在。
玄奘走得口干舌燥，就解下装水的皮囊，打算喝一口水。不想皮囊太重，失手掉下去，把千里跋涉的贮水全部倾覆得干干净净。瞻望前路，蜿蜒盘旋，不知从哪条走为好。玄奘打算返回第四烽台重新取水。
走了十来里，思忖道：“我立愿不到天竺终不东归一步，怎么能折回？宁可就西而死，绝不归东而生！”于是拉转马辔，一心只念观音菩萨，径向西北而行。
孤身行进在大沙漠之中。四顾茫然迷蒙，苍凉辽远，人踪绝无，空无飞鸟。入夜闪烁的亮光，星星点点，仿佛妖魑魍魉举火；白昼狂风裹挟着飞沙，暴雨般地扑面撒来。
玄奘无所畏惧，一往无前。只是苦于无水，腹焦舌燥，行进非常艰难。
经历了四夜五日，滴水未沾，几近渴死。
困窘中，玄奘倒卧沙坑，向观音菩萨祷告：“玄奘此行不求财利，不为名誉，只为求无上正法。切盼菩萨慈念众生，以救苦为务。菩萨，如今我遭遇如此苦难，你难道不知道吗？”如此祈告，念念不缀，昏昏如以。
到第五日，夜半时分，一阵凉风忽然吹来，吹在身上，如同冷水沐浴一般清凉，玄奘顿时清醒过来，马也能站起来了，人马渐渐恢复体力。
玄奘准备稍稍休息一下再出发，岂料刚合眼，就梦见一大神，身高数丈，持戟呵斥：“汝！何不努力前行，而更卧也！”玄奘猛然惊醒，赶忙打马上路。
前进十里，那匹马，果然是识途老马，忽然放开四蹄朝岔路奔去。
数里后，只见一片小绿洲，长满了青草，玄奘下马，任由马儿纵情啃食。
玄奘趁隙往草地前方走了十几步，一转身发现一水池，水清澈如镜，捧一捧，甘冽无比。
玄奘带着马在草地水池旁休息了一日，人与马都恢复了体力。盛满水后，继续前进，又过了两天，终于走出了流沙河。
走出流沙就到了伊吾。伊吾是玄奘西行到达的第一个西域小国，在今天新疆哈密。
高僧从长安来的消息早已传遍西域各地。
到了伊吾，玄奘顺利地住进了一个佛寺，寺内有汉僧三人。
其中一位老者，也不知道是何时因何原因到了这里。见到玄奘中土人物形象打扮，非常激动，衣不结带，跣足奔迎，抱着玄奘失声痛哭，不能自已，哽咽道：“想不到今生还能见到故乡人！”
他乡遇故人，玄奘也伤感不已，抚着老者，半晌说不出话。
寺内的当地胡僧和伊吾王也前来参见，对玄奘的供养很是周全齐备。
稍事休整，玄奘又因高昌王力邀起身前往高昌。
高昌国在伊吾之西。高昌国，在今新疆吐鲁番一带，都城在吐鲁番东南六十里。
高昌之地，东汉时为车师前部高昌壁，东晋时为高昌郡。《北史·西域传》记载：“地势高敞，人数昌盛，因名高昌。”
设郡置县后，高昌逐渐成为中原王朝管辖西域门户。自汉以来，中原大量汉民因各种各样原因，迁往西域，高昌成为西域汉人最集中的地方。
公元499年，国人推麹嘉为高昌王，是为麹氏高昌之始。麹氏，祖籍甘肃金城（兰州一带），其祖先为汉尚书令麹谭。
麹氏高昌，国境横八百里，纵五百里，境内有城池二十一座。国力较强，有胜兵万人。国都交河城，位于今吐鲁番市东，汉代车师国王庭。土壤肥沃，禾麦均可再熟。有一种白叠草，花可用来织布，百姓风俗编发挽髻垂于脑后。
玄奘西行的时候，高昌王为鞠文泰。麹文泰喜事礼佛，玄奘抵达伊吾时，麹文泰的使者刚好在，听到消息，立即将消息报告给国王。麹文泰当即派遣使者，命令伊吾王送玄奘前来高昌。
玄奘在伊吾住了十几天，本想取道可汗浮图（今新疆吉木萨尔以北的护堡子，位于天山北麓）继续西行，推却不过高昌国王的邀请，只得前往。
一行人越南碛，六天后到达高昌国境内的白立城（今鄯善），从这里连夜赶到王城。
此时，整个王室都在等候高僧的到来。
玄奘刚抵城下，国王下令开启城门，亲自秉烛，出宫迎接玄奘。将玄奘安置在后院，迎坐重阁宝帐中，殷勤问候：“弟子自从闻听法师大名，欣喜得废寝忘食。计算今夜法师必至，所以与妻子儿女都没有睡觉，诵经等候法师。”
又叫出王妃与几十位侍女礼拜法师。交谈良久方回王宫。
第二天天刚亮，高昌王就带着王妃以下前来礼拜。
高昌王非常钦佩玄奘的勇毅，激动地说：“从长安到高昌，碛路艰险，法师独自前来，真是奇迹！”随即吩咐设下斋饭，饭后诵经，在宫侧另设道场，迎玄奘住下，派宦官侍候。
此时高昌国国力已衰微，国王麹文泰希望玄奘留下来帮助他治理国家。他先把高昌国都城里的高僧有彖法师、国统王法师请来与玄奘相见，劝说玄奘别再西行，就在高昌住下来。
有彖法师是高昌著名的高僧，曾在长安学习，善识法相。国统王法师年逾八十，德高望重。他们遵照高昌王的意旨，与玄奘住在一起，劝说玄奘留在高昌。