完成机构调整之后，朱由检除了在九月七日批准李永贞辞职外，便没有什么大动作。每日里像以前一样处理吏部、兵部事务，对其它事情不闻不问。似乎真的不在意魏忠贤和阉党掌权，对此毫无动作。
不过皇帝不急，却有他人心急。徐应元急着取代魏忠贤不说，被阉党大臣打去南京当通政使的杨所修，也加快和党羽串联，准备攻击阉党。
九月九日，重阳节，朱由检又一次召开常朝。
看着减少了很多的常朝官员数量，朱由检满意地点了点头。三百多人在中极殿，总算不显得那么拥挤。而且六部五寺和都察院六科的官员数量差距不大，能够相互制衡。这离朱由检理想的常朝会议相差不远，让他非常满意。
常朝开始之后，先是吏部上报各部门机构调整的进展。这不是编制上的整合那么简单，还需要移交公务、搬迁衙署。尤其是五寺分散在京城东西，远不像承天门前的五府六部那么集中，兵部车驾司和礼部祠祭司、精膳司想要搬迁过去，要做的事情不少。
朱由检听着汇报，觉得都搬过去太过麻烦，更何况寺和司曾经互改，直接在五寺下面辖司肯定不行。所以朱由检斟酌了一会儿，说道：
“衙署能不搬迁的就不搬。”
“朕以为各寺内部，可以设置总署和分署，由正四品少卿或正五品寺丞亲掌，在其它地点独立办理公务。”
“太常寺可以设置祠祭总署，管理各陵墓、坛庙的祠祭署，以及神乐观等。”
“设置祭祀总署，确定祭祀规格和祭祀章程，规范各地乡贤祠、名宦祠、生祠、宗祠等祠堂，以及家庙、文庙、关庙、岳庙、城隍庙、土地庙、山神庙、河神庙、龙王庙、妈祖庙等庙宇，打击非法祭祀。”
“设置宗教总署，管理道教、佛教，以及从西方新传过来的宗教。规范宗教场所、宗教章程、宗教典籍、宗教学校、教职人员等方面，监视各宗教的动向，探查打击不法宗教。”
“改四夷馆为翻译总署，在蒙古、女直、西番、西天、百夷、高昌、缅甸八馆之外，增设拉丁语等西语馆、南洋馆、朝鲜馆、日本馆等。该总署由礼部和翰林院共管，共同培养通事、翻译各地典籍。”
调整了太常寺的机构，朱由检越想越觉得太常寺非常重要，宗教、祭祀在这个时代影响力非常大，翻译也是十分重要的事情，他打算用这个部门实现一些谋划，引领思想文化。
所以他同时规定了，有宗教信仰的官员不能在太常寺担任高级官员，避免干扰祭祀、影响宗教政策。
太仆寺和光禄寺比较简单，很容易完成调整：
“太仆寺可设置车驾总署，管理车驾事务，原库房、草场不用改动地点。”
“设立马政总署，管理各牧监，统计各地行太仆寺和苑马寺的马匹数量、战马数量、种马数量，引进优化马种等。”
“设立茶马总署，管理各地茶马司和马匹贸易。”
“设立邮政总署，管理各地驿站和邮传事务。”
“光禄寺可以按地点设置分署，为各地提供膳食。”
这样交待下去，太常寺、太仆寺、光禄寺这些被调整的部门，都有了章程可循，不至于各自为政，闹出各种事端。
不过朱由检还不放心，又安排吏部侍郎杨景辰确定各部门的编制和章程，避免他们胡来。秉笔太监王文政也被他派出去，负责盯着这件事。
同时，他心中还打算在掀翻阉党之后，把涉案太监、官员、贵族的宅院置换出来，在承天门附近集中安置一些衙署。否则办个事都要东西乱跑，那就实在太远了。詹事府、台基厂附近就不错，可以考虑放在那。
正在想着这些，朱由检忽然见到前任吏科都给事中杨所修站出来，弹劾太仆寺卿管台基厂事陈殷、兵部尚书崔呈秀、工部尚书李养德、延绥巡抚朱童蒙，应该回乡守制。
还弹劾吏部尚书周应秋，认为他漫无主持，有负圣恩，无法承担起吏部事务。
这个言，让朱由检精神一震，知道对阉党的攻击终于真的来了。崔呈秀想要撤退，有人站出来拖后腿，还牵扯到周应秋，一下有两位六部尚书被参。
仔细看去，朱由检还认出杨所修在上次朝会上被阉党廷推为南京通政使，这让他心中直乐，知道阉党开始内乱：
『等等看，会有更多的人冒出来。』
『阉党这么一乱，其他人就看到机会了！』
没有听从杨所修的弹劾，朱由检面色一肃，骂他没有证据胡乱诋毁人，继续下一项议题。
杨所修却没气馁，从皇帝的态度中，他看出皇帝并没有真的惩罚他，只是让他拿出切实证据。作为前任吏科都给事中，吏部尚书周应秋做的事情，他不说全部知道，至少也知道个大概。只要有迹可循，想找出证据还不容易？