直接任命大理寺右少卿并不符合惯例，但是这时候却没有人反对。
皇帝的“人人过关”表态，让一些痛恨阉党的官员暂时停止了穷追猛打，也让一些阉党官员放下了心。
他们大多和四位大学士一样，虽然依附阉党、却没有参与魏忠贤谋逆的事情。皇帝连四位大学士都放过了，自然也不会重罚他们。
但是另一些人，那就有些惶惶不可终日了。像是周应秋、田吉等人，皇帝说着九卿留任，却在先前就罢免了他们。这让他们心中，如何能放得下？
尤其是刑部尚书薛贞，在皇帝下令重新审查耿如杞、胡士容等人的案子时，就感觉有些不安。待到皇帝要从三法司开始人人过关时，他知道自己无论如何，都不可能过了这一关：
『我是东林党人，为了保命依附阉党，判过的冤假错案不知凡几。』
『这次清查三法司，怕是要拿我问罪！』
到了如今这个地步，薛贞知道自己被皇帝拿去杀鸡儆猴的可能性很大，就像之前的文选司郎中周家椿一样。
但是他心中还期望皇帝能留自己一命，没有自杀认罪的勇气。
为了讨好皇帝，给自己定罪轻一点，薛贞主动请求道：
“陛下，刑部、都察院、大理寺这三法司事务繁杂，而且多有交叉。”
“臣请求将刑部等三法司事务，交由常参会议决定！”
朱由检闻言一喜，看向都察院和大理寺。
都察院左都御史房壮丽刚刚转任吏部尚书，如今管事的是协理院事的左副都御史许宗礼。此人是万历四十四年进士，因为依附阉党快升迁，如何敢在这时出言反对。
大理寺卿张九德虽然和阉党牵连不深，却同样是依靠阉党升官。他相信如果自己敢反对的话，皇帝会毫不犹豫地在清查大理寺时把自己罢免。所以他当即就表示同意，把大理寺事务上交常参会议。
如此一来，朱由检能用常参会议决定的事务又增加了一块，而且是在清查阉党时很重要的三法司。
眼看六部中的吏部、兵部、刑部都将事务上交常参会议，甚至连都察院、大理寺也把事务上交。和阉党牵连很深的礼部尚书来宗道、户部尚书郭允厚、工部尚书薛凤翔，同样将本部事务上交常参会议。
朱由检之前设立的常参会议，终于完全获得了干预六部事务的权力。在魏忠贤被罢免、司礼监掌印王体乾和内阁四位大学士需要自己力保的当下，朱由检完全能在常参会议上把内阁和司礼监当摆设，按自己的想法，决定六部事务。
可以说，在他一步步的谋划下，他实现了明太祖朱元璋最初罢免丞相的目的——直接管辖六部。
这种局面不知道能持续多久，朱由检决定用这段掌权的时间，尽可能完成调整。
知道这是阉党倒台的真空期才获得的权力，也没有像太祖皇帝那样一直当劳模的想法。朱由检决定这段时间勤快一点，尽快按自己的想法调整六部。
最好把六部的权力扩大一点，例如把五寺变成九寺，让六部督导。把六部尚书等九卿实际当成分管一摊的副总理，和内阁大学士制衡。
怀着这个打算，朱由检在上午的常朝结束后，下午立刻在武英殿召开常参会议，处理三法司事务。
因为要审查官员，吏部同样与会。从大理寺卿开始，对大理寺官员一个一个审查。
“魏忠贤权倾朝野，朝堂上的官员大部分都和他有联系。”
“这些人不可能人人参与逆案，为了快审查，要先定下审查的原则。”
坐在武英殿中侃侃而谈，朱由检此时彻底没有了顾忌，直接把自己的意志灌输给群臣：
“这个审查原则，朕称之为二阶层四要件。”