设立审计总署和廉政总署，还在里面埋下顺天银行这个在内廷新设的机构，朱由检筹谋已久。
此时在处置官员的时候说出来，都察院没人敢反对。其他待罪的官员同样说不上话，甚至还想到皇帝前段时间对五寺调整的事，心想皇帝又出手了，看来皇帝是不把所有机构调整一遍，绝对不会罢休。
袁可立没有经历前段时间五寺调整的事，觉得皇帝这样不经讨论随意设立衙署很不合理。
但是他想到前几日和皇帝交流时提到的钱粮支出问题，以及九边欠饷高达数百万的事实。
最终以都察院事务不归自己管辖为由，在心里安慰自己这件事不归自己管，同样没有张嘴，默认了这件事情。
眼见没有人反对，朱由检乘机对都察院继续进行调整，他要趁着这段时间掌权，把都察院按自己的意志调整，让他们的主要职责转向监督官员。
免得那些有战斗力的言官起复后，闲着没事之下，把矛头针对自己这个皇帝。
继续在都察院设立总署，朱由检道：
“南京通政使杨所修，颂美赞导兼有，定为第六等，革去一切官阶。”
“念在他弹劾阉党有功，复职为正四品佥都御史。”
“组建检察总署，负责司法监察。对危害国家安全、危害人民安全、利用职权犯罪等行为进行侦查和提起公诉。对判决执行情况进行监督，对刑罚和监狱使用情况进行监督。”
“此次审判阉党，便由检察总署提起公诉，对所有案件追踪到底。”
群臣听着这个任命，对杨所修已经有些羡慕了。别看这个人是从正三品降到正四品，但以实权来说，他这个负责检察总署的佥都御史，远比南京通政使重要，甚至比以前的正三品右副都御史加衔还要好。
可以说，杨所修实现了最初的目的——
把自己从阉党摘出来，成功留在京城。
在场的官员都知道皇帝喜欢调整机构，他们因为待罪也都没有说话，唯有袁可立实在忍不住，谏言道：
“陛下，随意调整机构，会让官员无所适从，这是治国大忌。”
“更何况杨所修原是阉党，陛下让他担任这个职务，恐会徇私枉法。”
对袁可立还有些耐心，朱由检解释道：
“朕并非随意调整机构，只是让权责统一，更明确职责而已。”
“杨所修以前是阉党，但他有心立功，相信不会让朕失望。”
说着，朱由检自己也觉得只用杨所修容易引人怀疑，甚至会被人制造舆论，又下令道：
“原正四品右通政刘宗周，起复署理正四品佥都御史。”
“进京后和杨所修一同负责调查阉党人员罪行，对他们提起公诉。”
这下袁可立没话说了，刘宗周是著名的东林党人，有他一同负责查办阉党，谁都没有话说。
刘宗周名望极高，甚至可以说在顾宪成、高攀龙死后，他是大明士林仅存的泰山北斗。
朝廷都公开赞扬刘宗周“千秋间气，一代完人，世曰麒麟凤凰，学者泰山北斗”——
如果朱由检这个皇帝不用他，甚至都有可能被非议“野有遗贤”。
所以在打倒阉党之后，刘宗周就被朱由检列入第一批起复名单。而且他记得刘宗周是殉节忠臣，还知道他是大明最后一位儒学大师、宋明理学心学殿军、黄宗羲的老师。虽不知他能力如何，还是起复为佥都御史，负责查办阉党。
朱由检相信这个在天下间深孚众望的人，不会让自己失望。即使以后有人对阉党的处置有非议，也能借助刘宗周的名望压下去。
果然，刘宗周的名字一出，谁都没有话说。对他署理佥都御史，没有任何异议。
唯一的问题是，朱由检任命的佥都御史太多了，过左、右二人。
许宗礼提出这个问题，朱由检道：
“副都御史和佥都御史这两个职位，以后就不再区分左右，根据所负责的职务，设置一位副都御史、四到六位佥都御史。”
“以后都察院由左都御史执掌院事，副都御史协理院事，佥都御史负责具体总署。”
“设置专门的右都御史，负责监察科道官员，并且和吏部一起管理御史加衔。”
“其他不在都察院却有御史加衔的官员，朕授权他们和真正的御史一样拥有监察权，可以监察不法，并且能监督科道官员。”
“十三道监察御史不变，仍旧负责原有公务。”