位于涟漪镇海面上，一座浮起来的古老遗迹上，此时火箭队的首领坂木，已经顺利地通过了美洛耶塔，来操控着合众地区的三云神。
坂木想要借助已经变化为灵兽形态的三云神的力量，来统治整个合众地区。
但是这一行为还是收到了来自小智等人的阻拦。
在希罗娜和烈咬陆鲨，艾莉丝的快龙以及名为拉里男子的泥偶巨人的攻击下，拖延了三云神的攻击。
但是这些对于三云神不痛不痒的攻击，却是惹怒了控制三云神的坂木。
“让他们见识一下你们三云神的真正实力吧！”
被纠缠地没有耐心的坂木，站在了祭坛上的古老法阵之中，通过这里的现形镜对着三云神命令了起来。
伴随着一道赤的色光柱直冲云霄，灵兽形态雄三云神也在一声尖叫声中发出了真实实力，将三只与它们纠缠的精灵全部击落了下来。
“不好！”看到了这一幕之后，小智等人瞳孔猛地一缩。
虽然现如今的形势对于小智他们来说很是糟糕，但是更为糟糕的还在后面。
只见漂浮在空中的三云神一起使用了自己的力量，不一会儿的功夫就有着一道冰蓝色的光柱从天而降，击中了蔚蓝的海平面上。
刹那间，以这个光柱为中心，厚厚的冰面朝着四周扩散而去。不一会儿的功夫就蔓延了数百公里。
甚至连希罗娜三人的精灵，也全部被寒冰包裹了起来。
就连距离这个古老祭坛有着很远一段距离的涟漪镇都受到了波及，整个城镇里面都已经被寒冰所包围。
这一异象也引起了涟漪镇人们的惊恐，不过好在当地的君莎小姐控制得及时，人员得到了很好的疏散。
“这个是……”
正在赶路的芽衣自然也注意到了这一点，看到了被冰封的海面，露出了惊讶的面孔。
“大海都被冰封起来了！”透子看到了这一幕之后，眉头也开始紧皱起来了。
视线回到祭坛这边，小次郎看着眼前的冰天雪地，也惊叹于三云神的力量。
“真是可怕的力量啊！”
就在小次郎刚刚感叹完毕，一旁穿着白大褂的塞格博士就做出了解释。
“古代人们所追求的就是这个力量，能无限地产生各种自然现象！”
“我不会让你们得逞的！”
不过正义感十足的小智却带着皮卡丘和高傲雉鸡来到了祭坛最高峰，出现在了坂木的面前。
“你能阻止我吗？”拥有着这股力量的坂木，已经不将小智他们放在眼中。
伴随自己他轻轻挥动了手臂，被控制的三云神就开始朝着小智这边飞了过来，准备发动攻击。
虽然希罗娜她们的精灵已经摆脱了寒冰的束缚，但还是无法追上朝着小智那边飞去的三云神。
“小智，危险！”
希罗娜看着已经开始蓄力朝着小智发起攻击的三云神，立马对着小智高声提醒道。
但是面对三云神的压迫，小智一时间难以离开原地。
面对这样危险的局势，万分着急的希罗娜嘴里开始念叨着：“小茂，你们要到什么时候才能抵达啊？”
“小智！”
艾莉丝和天桐看着三云神联合施展的一道破坏死光朝着小智那边攻击过去的时候，立马担心地喊了起来。
“皮卡丘，我们要殊死一搏了啊！”小智面对这样的情况，就准备和皮卡丘进行最后的比拼。