于是乎，崇祯五年七月，内廷加盖内阁署名后，连发三篇圣旨，一篇是前登莱官员处理圣旨，以便于警醒后人；一篇是关于原宣府巡抚沈棨纵敌资敌案的圣旨；一篇是对于东线战场的奖惩。关于东线战场的圣旨是派人送到宁海的，而另外两篇圣旨则是当众发布的：
“奉天承运，皇帝诏曰：国朝养士三百载，原望能同心协力，共度时艰。然原登莱巡抚孙元化、副总兵张焘玩寇自重，管束不力，致山东、登莱多地生灵涂炭，百事举哀……实属罪大恶极，罪孽深重，罪魁祸首，影响极其恶劣，今判处弃市，明日午时三刻西市弃市；
原山东巡抚余大成，庸弱无能，致使叛军势大，虽后来诚心平叛，然事与愿违，毫无作为，故判处夺职流放高雷为民；
原登莱参议宋光兰、监军王征玩忽职守，夺职，流放甘肃都司戍边；
原登州知府吴惟成庸碌无为，罢职弃用，还家自醒；原蓬莱知县秦世英、原登州府海防同知贾名杰负有连带责任，故罢职为民。
惩前毖后，惩恶扬善；有则改之，无则加勉。钦此！”
“奉天承运，皇帝诏曰：原宣府巡抚沈棨不思国恩，有违圣意。明明以国号下与逆奴并列并誓，又给之金帛等物，尚敢修饰，损威辱国，专擅欺君。今经有司会审，着立刻将沈棨押赴宣府斩首示众，传示九边，以儆效尤！钦此”。
崇祯五年七月二十四：
天气越来越反常了，冬季冻得人发蒙，夏天又热的要死。
一排囚车缓缓从天牢驶出，驶向那人声鼎沸的西市。
路过一处岔路口，关押沈棨的囚车从车队中驶出，拐向西北方向。沈棨强硬着扭头看向了孙元化，露出了一丝惨笑，孙元化看了一眼，不知道是汗水也好，泪水也罢，反正也没有什么意义了。
道路两边站满了维持秩序的兵丁和衙役，在道路两边扔东西砸犯人，那是严厉禁止的，因为如果砸出好歹来，到时候监斩官无法辨认，无法验明正身就不好办了。
可是两边的民众那是个个怒目而视，恨不得食其肉寝其皮。
民众们上一次如此憎恨一个人还是三年前对袁崇焕，袁崇焕当初被凌迟处死。民众纷纷上前抢食其肉，塞嘴就吃，顷刻间，只剩一颗人头和一堆白骨。
而如今自己也当步其后尘，孙元化脑袋一片空白。
突然孙元化在人海中看到了一个久违的身影，那是自己的恩师徐光启。只见徐光启已经须发全白，看上去已经像是耄耋老人了。这段时间以来，徐光启尽到了自己的一切力量，变卖家产，想尽一切办法营救自己的爱徒，也是想为明国保留一个熟知兵器制造和火器运用的人才。哪怕恳求从来很不耻的太监，他也做了，可是朝廷的意见非常明确。崇祯皇帝最终让步，但是只是把凌迟改为了弃市。
徐光启痛彻心扉，这可是他最敬爱的大明啊，孙元化有罪但是罪不至死，他也是受害者，只是有人把他放错了位置，如果仍然留在工部，孙元化将会是天下名士。当初自己也是反对朝廷调孙元化去登莱的，孙元化自己也不愿意去登莱，结果崇祯皇帝一意孤行，一锤定音，听不得反对的声音。如今登莱这个局面，为何把一切的罪责都推给孙元化？
徐光启看着周围盲目、看似热血实则愚昧透顶的人群，茫然的摇着头：救不了了。不知道是在说孙元化，还是在说大明朝廷。徐光启在自家小厮的搀扶下，颤颤巍巍的转身离开。
孙元化亲眼看见恩师离开，他开始紧闭着双眼，等待着最后时刻的到来。
随着监斩官的令签的落下，刽子手往大砍刀上吐了一口酒，然后手起刀落，孙元化和张焘的人头落地。
原本明亮的世界，突然间变成了黑白色，又逐渐变成了暗黑色，直至完全漆黑一片，两片眼睑缓缓的关闭。恰似关闭了大明朝的复兴大门。
这两个明末重要的科学家和发明家，就这样去了西方极乐世界。
随后监斩官命令衙役看管现场，皇帝陛下有令，两名人犯弃市，三日内不得收尸。
崇祯五年八月底的一天，登莱宁海州衙门：
福山知县朱国梓和当初福山防守的各位将士们也赶到了宁海，只为迎接即将到来的钦差。
按照惯例，众人都得沐浴后、焚香迎接钦使，可是钦使迟迟未到，直到未时三刻，钦使才姗姗来迟。可是众位官员的肚子早就饿的咕咕直叫了，也不敢擅自离开。这是对待功臣的应该的样子吗？
钦使小黄门缓缓的打开圣旨，众人这个时候为了体现尊卑，毕竟属于大礼，还是应该跪下接旨的。
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“奉天承运，皇帝诏曰：兹有山东、登莱两处监军使高起潜奏报，兼顾地司反馈，得知福山大捷，歼敌甚多，朕心甚慰……
原登莱等处巡察按察使王道纯监军溺职，毫无作为，罢斥为民；
原登莱总兵官吴安邦，知耻而后勇，舍身杀贼，重创叛军吴贼所部，致使吴贼授首，特赐黄金100两，白银1000两。然前有登州之败，致使损兵折将甚重，贬两级留用，任为东江援兵营参将；