“我的名字是工藤新一，原本是解决疑难案件的初中生名侦探，可是有一天被神秘的公司注入了毒药，身体发生了变化，变成了江户川柯南。”
“没错，我就是米花好邻居，柯南！虽然我身体拥有了超能力，但头脑依然清醒，不管遇到什么案件，真相永远只有一个！”
此时此刻，正在东京的黑夜里以一种相当危险的动作越过大楼楼顶、追逐着罪犯的人正是前·黑暗组织动画公司的实习生工藤新一、现·东京的假面骑士江户川柯南。
自从那次在公司实习的时候无意中被某种修格斯衍生物咬中，他就获得了稍微有点挑战他的科学世界观的超能力——不，从那之后他的世界观就已经碎成渣了啊！
这个世界真的是有神话生物的！而且还有超能力！
身为超能力者的工藤新一是个侦探，也是个相当有正义感的人，拥有力量的他无法眼睁睁地看着别人陷入困境，更没法看着罪犯在城市里为非作歹胡作非为，所以他开始暗中活动，在白天或者深夜的时候变装出门，对罪犯施以正义的铁拳！
对此，黑暗组织动画学院的新校长北小路真昼先生是这么说的：“你毕竟还是个初中生，我们可以给你一点协助。”
这位校长叫来了他们的潜入课老师赤井先生，赤井先生让两个学生递给他一副腰带，说这是他们最新的产品，只要戴上它，你就可以战胜任何……
“啊？”
“咳咳，事情是这样的，这是不含任何基础属性加成的变身腰带，只能给你提供不会被破坏的装甲外观，但好消息是阿笠博士刚刚加盟了我们的新产品制作，所以我们在上面加入了一些特别的小功能。”
这位学长热情地向幼稚园时期就来学院实习过的工藤新一热情地介绍腰带的功能：
“看，这是附带的超能眼镜，它会自动帮你分析敌人的弱点，并且在你快要把敌人打死的时候发出警告，防止你犯下不可挽回的错误。”
“看，这是附带的超级□□，它能射出附带了记忆模糊术的光线，让看到你的人都忘记最近一段时间发生的事，当然它还有点不稳定。”
“看，这是个紧急脱出按钮，我们给它附加了隐身功能，只要按下这个按钮，它就会在原地生成一个立体影像然后给你施加隐身法术！”
“看，这是后备隐藏能源……”
最后那个东西根本就不需要吧！你们到底是来开发什么的啊！工藤新一作为前任校长钦定的公司继承人，黑暗组织动画公司人人喜欢的小少爷，他当然对这群人有不少了解，知道他们就没研究过正常的东西。
所以他义正词严地说：“谢谢前辈，前辈真好。”
不然怎么办呢！他正在干相当危险的事诶！要是真的被敌人发现真实身份的话，他自己倒是不要紧，他的同学和家人岂不是会遇到危险吗？不行，那个绝对不行，他是不会冒险的。
所以他拿到了黑暗组织动画学院友情提供的各种装备和黑科技道具，化名为江户川柯南，开始了他的“武装侦探”生涯。
因为他经常骑着会飞的机车和用着变身腰带的关系，东京的市民亲切地称呼他为“假面骑士柯南”。
高楼内部。
毛利兰和铃木园子，以及同样受邀来参加宴会的同学正在讨论某些事，此时一个同学小声说道：
“工藤君刚才是不是不见了？说起来啊，你们有没有觉得，工藤君和假面骑士柯南从来没有同时出现过？刚才假面骑士柯南出现的时候工藤君已经出去了。”
“……？那之前在鱼缸里扑腾的那个是谁？”
“咦，原来工藤君那会儿在吗，那没事了。”
此时全身湿淋淋的黑羽快斗刚从鱼缸里爬出来，他飞快地穿过高楼的间隙，身后的那个假面骑士还穷追不舍。
他刚才不小心掉进了鱼缸里，极度惊恐的情况下触动了自己作为怪盗基德原本留下的小道具，于是这个总是跟他作对的家伙发现了他的存在，黑羽快斗知道这次的怪盗活动八成是难以完成了，所以他说要换衣服然后直接离开了宴会！
但是那家伙竟然追上来了！既然如此，没办法了，假面骑士柯南，就让我们来一场真正的对决吧！