至于国子监，袁可立直接拒绝，认为无需商谈——
监生有资格直接做官，为了避免皇帝大规模任用监生，文官都会反对。
朱由检振振有词，说道：
“国子监和钦天监同属于监，是监就应该归属内廷。”
“否则外面的人分不清，把国子监和钦天监的负责人称为太监怎么办？”
袁可立气极反笑，向皇帝道：
“国子监在本朝初年称国子学，钦天监也曾称为太史院。”
“陛下不愿它们被称为监，可以把它们改回去。”
“老臣绝无意见！”
朱由检尽力争夺，说道：
“国子监生也被称为太学生，可以改称太学，朕自己设立低一级的大学或学堂。”
“但是钦天监一定要划归内廷，留在外廷朕不放心。”
“西方传过来的天文地理知识袁卿应该有所耳闻，现在是大变之时。”
“钦天监若是不归朕掌控，朕只能把它废了，再设一个新衙门。”
对西方传过来的知识有所耳闻，知道大地是个球形，不是天圆地方。皇帝因此想完全掌握钦天监，袁可立能够理解。
再加上皇帝虽然让出了国子监，却要自己设立大学。袁可立觉得如果自己不答应的话，皇帝真有可能在内廷设立新衙门，把钦天监给废掉。
为了避免无谓的争执，袁可立道：
“钦天监可以归属内廷，国子监也可以改称太学。”
“但是陛下设立的大学，规格不能高于太学，学生也不能直接授官。”
“大学生需要参加科举或成为太学生，才有做官资格。”
朱由检点头答应，知道文官绝不会答应自己随意任命官员，所以他没有强求。打算开设理工类大学，培养研究人才。
然后就是朱由检最看重的、关系到自己安全的衙门：
“太医院一定要归属内廷。”
“外廷管理的太医院实在太差了，治死了几位先帝。”
“如果袁卿不答应，朕就加强御药房，再设一个御药监。”
对此无话可说，袁可立自己也觉得太医院实在太差，以至于大明需要频繁更换皇帝。
这种无关朝廷大政、对皇帝却非常重要的衙门，袁可立觉得没必要争执，既然皇帝提出，那就让给内廷。
只是他要求皇帝接过去后，就要由内库放俸禄。免得皇帝胡乱任命官员，让外廷承担开支。
觉得太医院能够赚钱，朱由检一口答应。
然后想来想去，又要加上尚宝司和中书科。袁可立对尚宝司不怎么在意，对中书科却极为警惕，觉得皇帝有可能用它取代内阁，不愿答应此事。
但是对皇帝引用旧例，要求尚宝司、中书科等近侍官员任命取自上裁，他却无法反对。只是提醒皇帝不能改变中书科的级别，不能违反祖训重设中书省——
文官好不容易确立的内阁制度，不能随意改变。
朱由检满口答应，说是会像起居舍人一样，中书科中书舍人以后会挑选翰林院官员兼任，不会提升级别。
这点确定之后，内廷衙门彻底定了下来。商量来商量去，也就多了詹事府、钦天监、太医院三个衙门。其中詹事府还已经沦为迁转机构，根本没有实权。
袁可立心中松了口气，觉得皇帝要走这三个衙门完全可以接受，并不是胡乱调整。在皇帝答应不会把其它外廷衙门转入内廷后，他决定下一次常朝上就正式提交奏疏，确定内外分别。
然后，朱由检和袁可立才开始最初的话题，调整审判机构。
《大明会典》：
又定、东宫官、系近侍官员、任满黜陟、取自上裁。
洪武二十六年定、尚宝司、中书舍人、系近侍官员、任满黜陟、取自上裁。
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