这个变动有些大，很多人有些接受不了。皇帝今天的改动实在太多，他们担心这是个乱改官制的建文君，内阁辅黄立极劝谏道：
“陛下，大理寺、太常寺重要，方能定为正三品。”
“光禄寺、鸿胪寺这些，不宜提升品级。”
光禄寺卿和鸿胪寺卿听到这话，顿时气得冒烟。其它部门都不说，就说他们两个，这是看不起他们，不想让他们办事吗？
但是想想光禄寺也就负责膳食宴席、鸿胪寺也就负责典礼仪式，他们实在提不起底气，没法理直气壮地说自己和大理寺同样重要，能和它们并列。只能眼巴巴地看向皇帝，希望皇帝独断。
朱由检想了一下，没有如他们所愿。他调整五寺的目的不是单纯地为了统一品级，而是想让这些寺分管某一个条块，对相关事务进行专业管理。
以后他对大明的机构会做出更多调整，在调整权力分配的同时，提高管理能力。现在调整五寺这些朝廷边缘机构，不过是开胃菜罢了。他要通过这件事，看看群臣对自己调整机构的态度如何。
从太仆寺开始，朱由检逐个改动官职：
“太仆寺和太常寺一样提升为正三品，原北京太仆寺卿、南京太仆寺卿不变，仍旧还是从三品，负责北方马政和南方马政。”
“各地行太仆寺、苑马寺，以及兵部车驾司、各地茶马司等与马政相关的机构全部划归新太仆寺，统一全国马政。”
“兵部车驾司的驿站邮传等职责也由新太仆寺接管。”
这样一个负责全国马政和驿站邮传的机构，足以成为正三品衙门。太仆寺是人人高兴，觉得皇帝在提高他们的地位。
车驾司郎中在朱由检任命他担任正四品太仆寺少卿后，同样高兴不已。但是无缘无故丢掉一个司的兵部，就不是那么高兴了。
虽然兵部尚书不在，侍郎也碌碌无为，他们却还要争一争，免得兵部的属官抱怨，认为他们窝囊，在兵部丧失权威。
面对这些人的意见，朱由检想了一下，说道：
“兵部增加一个军械司，专门负责火器等军械制造。”
“现在先准备起来，具体如何设置，等专督军械侍郎袁可立进京之后决定。”
“太仆寺卿可以在兵部右侍郎秦士文回京后，暂时由他兼任。”
“以后太仆寺由兵部督导，官员由兵部选任。”
这是给兵部增加一个附属的正三品衙门，兵部如何不满意。而且秦士文回京后兼任太仆寺卿，明显是表示太仆寺虽然不是兵部直管，却是兵部侍郎管理，和直管几乎没有什么区别。兵部再有不满，那就不像话了。
而且军械司的职责，也明显不是车驾司能比的。损失一个车驾司，换来附属的太仆寺和直属的军械司，他们当然能接受。
处理了太仆寺的事情，朱由检将太仆寺、太常寺的正六品寺丞提升为正五品，但是原有官员品级不变，改任同品级的正六品主事，让两寺和吏部选拔官员，担任正五品寺丞。
这下除了原本的寺丞变成主事有些不满，其他官员都很赞同。尤其是六部主事和员外郎，想着去担任寺丞也不错，至少级别升了、寺丞这个名字也好听。
考虑到太仆寺职权提升，太常寺如果不提升的话，排在它前面底气不足。朱由检将僧录司、道录司、祠祭司、文庙、城隍庙等和宗教祭祀有关的职能几乎全部划入太常寺，让太常寺的职权大增，重新有了底气。
同时，作为对礼部的安抚，朱由检规定太常寺成为礼部迁转机构，由礼部负责督导。
并且在礼部新设礼乐司，负责祠祭司遗留下来的拟定谥号庙号等职能，并负责整理乐曲舞蹈、民间诗歌、戏剧曲艺，宣传精神文明，管理教坊司等。