蚩尤战败退回九黎部落，只见营帐内一片狼藉，伤兵满营，哀号之声不绝于耳。他心中虽有不甘，但此时伤势沉重，也只能暂作休整。那被黄帝镇海神针击中之处，有一股奇异的力量在不断侵蚀着他的身体，使得他疼痛难忍。
九黎部落中有一巫医，名唤阿古，精通巫术与疗伤之法。他看着蚩尤的伤势，眉头紧皱，对蚩尤说道：“首领，黄帝那神器所伤，非比寻常，其中似有克制您力量的神力，我需用特殊之法为您疗伤。”蚩尤咬着牙道：“速去准备，本王定要恢复如初，再与黄帝一决高下。”
阿古命人在部落深处的一个隐秘洞穴中设下祭坛，洞穴四周布满了各种神秘的符文。他采集了部落中各种珍稀草药，又宰杀了九头黑牛，取其鲜血，洒在祭坛之上。然后，他口中念念有词，施展起古老的巫术。只见洞穴中光芒闪烁，那些草药和牛血化作一道道奇异的光芒，缓缓注入蚩尤的体内。
然而，黄帝神器所造成的伤势太过严重，阿古的巫术虽能缓解蚩尤的痛苦，却无法彻底治愈他。蚩尤在疗伤之时，心中怒火更盛，暗暗发誓定要报此大仇。
在炎黄部落，黄帝与炎帝也没有因胜利而放松警惕。他们深知蚩尤的厉害，此次虽胜，但下次交战，蚩尤必然会有更强大的手段。黄帝召集部落中的智者，商议应对之策。其中一位名叫仓颉的智者说道：“蚩尤此次战败，定会寻找恢复力量和增强实力之法。我们也需早作准备，可派人去寻找更多的神器和仙法。”黄帝点头称是，于是命仓颉等人在部落中整理古籍，寻找线索，自己则带着几名亲信前往各处仙山，拜访仙人。
且说蚩尤，在疗伤多日之后，伤势虽未痊愈，但已能行动自如。他召集部落中的将领，说道：“此次战败，乃我之过。但我们不能就此消沉，黄帝有神器，我们也要找到能与之抗衡之物。听闻在南方有一处神秘之地，名为毒瘴谷，谷中有诸多毒物，其毒液可炼制强大的兵器，我们可前往一试。”众将领纷纷响应，于是蚩尤便带领一支精锐部队，向着毒瘴谷进发。
毒瘴谷终年被毒雾笼罩，谷口有一股强大的禁制之力，寻常人等靠近便会头晕目眩。蚩尤却凭借自身的神力，强行闯入谷中。一入谷内，只见各种色彩斑斓的毒物四处爬行，有巨大的蟒蛇、五彩蜘蛛、三头蜈蚣等，令人毛骨悚然。蚩尤大喝一声，施展出法术，将周围的毒物震飞，然后命手下收集毒物的毒液。
就在他们收集毒液之时，谷中深处突然传来一阵怒吼。原来是毒瘴谷的守护者，一只巨大的毒蛟。毒蛟身形如山，周身散发着剧毒之气，双目如灯笼般大小，闪烁着凶恶的光芒。毒蛟见蚩尤等人在谷中捣乱，张开血盆大口，向着蚩尤扑来。蚩尤毫无惧色，手持兵器迎了上去。二者在毒瘴谷中展开了一场激烈的战斗，毒液飞溅，毒雾弥漫。
蚩尤的手下在一旁协助，他们用收集到的毒液攻击毒蛟的眼睛。毒蛟吃痛，更加疯狂。但蚩尤毕竟是勇猛无比，他看准时机，跳到毒蛟背上，用兵器狠狠刺入毒蛟的身体。毒蛟挣扎了一番，最终轰然倒地。蚩尤命人将毒蛟的毒液和鳞片收集起来，这些都是炼制强大兵器的绝佳材料。
回到九黎部落，蚩尤让阿古用毒蛟的材料和收集到的毒物毒液开始炼制兵器。阿古施展巫术，将毒液和材料放入巨大的熔炉中，以火焰煅烧。经过七七四十九天的炼制，终于打造出了一批威力惊人的毒兵器。这些兵器上都带有剧毒，一旦被划伤，毒素便会迅速侵入体内，神仙也难抵挡。
而黄帝这边，在仙山之间四处寻访。一日，他来到了一座名为太荒山的地方。此山高耸入云，山顶终年积雪不化，山腰处有云雾缭绕，隐隐有仙乐之声传来。黄帝沿着山路前行，遇到了一位童子。童子问道：“来者何人？”黄帝恭敬地回答：“我是炎黄部落的黄帝，特来拜访仙山仙人，寻求对抗蚩尤之法。”童子笑道：“原来是黄帝，你随我来。”
童子带着黄帝来到了一座洞府前，洞府门上刻着“太乙洞府”四个大字。进入洞府，只见一位仙人端坐在蒲团之上，仙风道骨，正是太乙真人。黄帝向太乙真人说明了来意，太乙真人微微点头，说道：“蚩尤之祸，我亦有所耳闻。要对抗他，需得提升自身的灵力和智慧。在这太荒山中有一处灵泉，名为智慧之泉，饮其泉水，可开启心智，获得更多的智慧。还有一处修炼之地，名为九阳洞，在洞中修炼，可吸纳天地阳气，增强灵力。”
黄帝谢过太乙真人，先来到了智慧之泉。只见那泉水清澈见底，周围有灵光闪烁。黄帝俯身饮下泉水，顿觉头脑清明，许多以前不解之事如今都豁然开朗。他在泉边静坐了几日，领悟了不少兵法和治理部落的智慧。
之后，黄帝又来到九阳洞。九阳洞内酷热难耐，有九阳真火在洞中燃烧。黄帝不畏酷热，进入洞中开始修炼。他吸纳着天地阳气，感觉自身的灵力在不断增强。在修炼过程中，黄帝还遇到了一些难关，但他凭借着坚韧的意志和新获得的智慧，一一克服。
在黄帝修炼之时，蚩尤已经炼制好了毒兵器，他迫不及待地想要找黄帝报仇。他率领着九黎部落的大军，再次向着炎黄部落进发。这一次，蚩尤的军队气势汹汹，他们手持毒兵器，所到之处，花草树木皆枯萎，一片死寂。
炎黄部落得到消息后，黄帝还未归来。炎帝挺身而出，带领部落战士迎敌。两军在阪泉之野相遇，大战再次爆发。蚩尤的军队挥舞着毒兵器，杀伤力极大。炎黄部落的战士们抵挡不住，纷纷中毒倒下。炎帝施展法术，召唤出火焰，但火焰对蚩尤的毒兵器并无太大克制作用。
就在炎黄部落陷入危机之时，黄帝终于修炼归来。他看到战场上的惨状，心中大怒。黄帝手持镇海神针，冲入敌阵。他施展出在九阳洞中学到的新法术，一股强大的阳气从他身上散发出来，暂时压制住了毒兵器的毒性。黄帝与蚩尤再次面对面，二人眼中都充满了仇恨。
黄帝怒道：“蚩尤，你不思悔改，又来兴风作浪。”蚩尤冷笑道：“黄帝，今日便是你的死期。”说罢，二人又战在了一处。这一次，二人的战斗更加激烈。黄帝的镇海神针与蚩尤的毒兵器碰撞在一起，火花四溅，毒液与阳气相互冲击，战场周围的空间都出现了扭曲。
双方的士兵也在激烈厮杀，战场上喊杀声、惨叫声交织在一起。风伯雨师也再次出现，他们施展仙法，试图帮助炎黄部落。但蚩尤的毒兵器让战局变得更加复杂，炎黄部落依然处于劣势。黄帝深知不能这样下去，他一边与蚩尤战斗，一边思考着破敌之策。突然，他想起了在智慧之泉获得的智慧，心中有了一个计划。
黄帝虚晃一招，脱离与蚩尤的战斗，然后飞到半空。他口中念念有词，施展了一个大型的法术。只见天空中出现了一个巨大的光罩，将蚩尤的军队笼罩其中。这个光罩有着神奇的力量，能够隔绝毒兵器的毒性，并削弱九黎部落战士的力量。蚩尤见状，大惊失色，他试图打破光罩，但光罩异常坚固。
炎黄部落的战士们趁机反击，局势开始逐渐扭转。蚩尤不甘心失败，他施展全力，试图冲破光罩。黄帝则指挥着战士们，对蚩尤的军队进行围剿。这场阪泉之战，又一次陷入了胶着状态，而胜负，依然悬而未决。
就在双方僵持不下之时，天庭之上，众神也在关注着这场人间大战。太白金星对玉帝奏道：“陛下，蚩尤与黄帝之战愈演愈烈，若不加以干涉，恐人间生灵涂炭。”玉帝沉思片刻，道：“且看他们如何发展，若有必要，再行定夺。”而在人间，黄帝和蚩尤都在为了这场关乎生死存亡的大战，拼尽全力，新的变数，即将在这激烈的战局中出现。